Cours de Bioinformatique L3 ANP

Licence 3 Alimentation, Nutrition et Pathologies

Cours de bioinformatique

I. MACROS (WORD)  

1-Index

2-and_ADN_c (Avec Word 2003)    _* AND_ADN_C (AVEC WORD 2007 et plus)

3-ADN_ARN       

4-Code génétique

5-ARNm_Prot

 

RÉALISATION D’UNE MACRO AVEC WORD VERSION 2013-2016 

 

II. CHEMOFFICE

1-Index

2- Chemoffice Ultra 2004 V8.0 (32 bits)       

3- Comment Installer Chemoffice

4- Utilisation

5- Dessin d'un Peptide

6- Visualisation,
           7- Chemoffice Ultra 2004 V15 (64 bits)

 

 III. Traitement d'image

Le logiciel de traitement d'images : téléchargement de ImageJ https://downloads.imagej.net/fiji/latest/fiji-win64.zip 

• Mesure de dimension d’une feuille d’une plante => vidéo 1 : Cliquez ici
• Mesure des propriétés dimensionnelles des graines : vidéo 2 => Cliquez ici
• Mesure des propriétés des colonies sur boîte de Pétri : vidéo 3 => Cliquez ici

IV. EXPASY

1-    Index,        Site Expasy

2- Analyse de la Structure 1aire   

3- Analyse de la Structure 2aire

3.2- Prédiction de la Structure 3D

4- Comparaison de Séquences :

4.1- Binaire

4.2- Multiple

5- Bases de Données :

5.1- Bases de Données Protéomique

5.2- Bases de Données Génomique

 

 

 

  

Cours Expasy

Identification des protéines (Protein identification)
 
ProtParam Tool : Paramètres physico-chimiques d'une séquence protéique (compositions en acides aminés et atomiques, phi, coefficient d'extinction, etc.)

         Exemple de séquence : 
SQEDPDYGIRDLFNAIATGKYPSWTFYIQVMTFNQAETFPFNPFDLT
 
Peptide search : Recherche de peptides selon la composition en acides aminés
Exemple de séquence : 
SQEDPDYGIRDLFNAIATGKYPSWTFYIQVMTFNQAETFPFNPFDLT
 
PeptideMass : Simulateur de clivage des peptides
Exemple de séquence : 
SQEDPDYGIRDLFNAIATGKYPSWTFYIQVMTFNQAETFPFNPFDLT
 
 
Traduire les nucléotides en protéines (Translate nucleotides to protein)
Translate : Outil qui permet la traduction d'une séquence nucléotidique (ADN / ARN) en une séquence protéique.
 
 
Prédiction de structure secondaire (Secondary structure prediction)
GOR II : Prédiction de la structure secondaire
Exemple de séquence : 
SQEDPDYGIRDLFNAIATGKYPSWTFYIQVMTFNQAETFPFNPFDLT
 
 
Prédiction de structure tertiaire (Tertiary structure prediction)
Phyre2 : Moteur de reconnaissance d'homologie / d'analogie des protéines - Prédiction de la structure des protéines
Exemple de séquence : 
SQEDPDYGIRDLFNAIATGKYPSWTFYIQVMTFNQAETFPFNPFDLT
 
 
Alignement de séquences (Sequence alignment)
Binaire (Binary)
LALIGN : Comparaison de deux séquences
 
Multiple
MULTALIN : Comparaison de plusieurs séquences
 
 
Consultation de bases de données :
Expasy : Expert Protein Analysis System
Recherche d’une protéine sur une base de données : UniProtKB
Exemple de protéine : CATALASE